朱慈烺乾纲独断，力排众议，决定对西班牙用兵，并任命永王朱慈炤总揽筹备事宜，这在整个帝国层面引发了深远影响。“远征吕宋筹备司”的成立，如同一块投入水面的巨石，激起的涟漪迅速扩散至帝国的各个角落，尤其是东南沿海。
筹备司设在江阴水师基地内，朱慈炤以亲王之尊，却吃住皆在营中，与郑森、张煌言（时常往来于江阴、舟山之间）以及被抽调来的精干文武官员日夜筹划。工作的繁巨远超想象。
首先便是舰船。现有水师主力需防御长江及沿海，能抽调用于远征的舰船有限。郑森力主以速度见长的“飞霆”级及其改进型为主力，辅以部分大型福船作为运输和支援。宋应星领导的格物院船舶小组，则根据“破浪”舰队带回的西班牙盖伦船数据，加紧研究对抗策略，并着手设计更大、更适合远洋作战的新一代战舰，但远水难解近渴。
其次是人员。远洋航行与作战，对水手、炮手、陆战队员的素质要求极高。朱慈炤与郑森从各水师部队中严格筛选经验丰富、身体强健、意志坚定的官兵，组建特遣舰队骨干，并立即开始针对性的强化训练：长时间海上生存、恶劣天气航行、登陆作战演习、热带疾病防治……训练强度之大，近乎残酷。朱慈炤以身作则，与官兵一同操练，极大地鼓舞了士气。
再者是情报。韩赞周的东厂被赋予了新的任务，利用一切渠道，搜集西班牙在远东的兵力部署、战舰性能、贸易路线、以及吕宋当地土着部落的态度等信息。与荷兰东印度公司的秘密接触也在加深，尽管双方互有戒心，但在共同对付西班牙这一点上，存在合作的基础。
最后，也是最为头疼的，便是钱粮物资。黄道周与户部官员为了筹措这笔额外的巨额军费，几乎绞尽脑汁。“皇家海运商行”的筹建在加速，试图以未来的海外贸易利润为诱饵，吸引江南海商投资。“海洋建设国债”的发行也提上日程，但认购情况尚难预料。远征所需的弹药、粮食、药品、以及适应热带气候的装备，无一不需要真金白银。
就在东南沿海为远征吕宋而紧锣密鼓地准备时，北方的清廷并未沉睡。多尔衮虽病重不能视事，但掌握实权的多铎与济尔哈朗，在经历了初期的内斗和调整后，也逐渐稳住了阵脚。他们敏锐地察觉到南明似乎将注意力转向南方，认为这是可乘之机。
弘光二年春，多铎再次调动兵力，对徐州、庐州方向施加压力，虽然规模不如上次，但攻势更加灵活和持久，明显带有牵制和消耗的意图。同时，清廷也加强了对山东李定国部的清剿力度，试图拔掉这根扎在背后的钉子。
史可法坐镇扬州，沉着应对。他采取“稳守反击，以小博大”的策略，命令前线各部依托工事，坚决防御，并不时派出精锐小队，袭击清军粮道和孤立据点，使得清军的攻势难以取得实质性进展，反而自身不断失血。
江北战线，再次进入了低烈度但持续不断的摩擦和消耗状态。这虽然牵制了南明部分精力，但也反过来证明了南明防线之稳固，让清军难以越雷池一步。
朱慈烺密切关注着北方的战局，他指示史可法，江北防线是根本，绝不可动摇，远征吕宋之事，不能影响北线的防御。他需要北方战线保持稳定，为他推行海洋战略和完成复仇大计，提供最基本的安全保障。
时间的车轮，就在这南北两条战线、陆海两个方向的紧张筹备与对峙中，缓缓驶入了弘光二年的夏天。远征吕宋的特遣舰队，已然初具雏形，砺剑东南，只待东风。