踏入传送门的刹那，李阳感觉周身被冰冷的金属气息包裹，耳膜被刺耳的蒸汽轰鸣声刺得生疼。待视线恢复清晰，他发现自己置身于一座悬浮在云海之上的巨型钢铁都市。交错纵横的蒸汽管道如同巨蟒般缠绕着高耸入云的机械塔楼，空中穿梭着冒着黑烟的飞空艇，地面上，浑身覆盖青铜装甲的蒸汽卫兵正列队行进，他们胸口镶嵌的能量核心泛着诡异的紫色光芒——与暗星议会的能量波动如出一辙。
“检测到同源能量反应，危险等级提升至SS级。”本源晶核的警报声刚落，街道两侧的蒸汽灯突然全部转为血红色。李阳本能地展开光暗蝶翼升空，数十道蒸汽激光擦着脚底掠过，在地面熔出冒着白烟的沟壑。抬头望去，一座百米高的机械巨像从云层中缓缓降下，它的关节处喷射着灼热的蒸汽，右手握着的巨型齿轮刀刃闪烁着寒光，左手则托举着一个不断旋转的紫色能量球。
“外来入侵者，立即伏法！”机械巨像的声音震得李阳耳膜生疼，它手臂一挥，无数齿轮如暴雨般飞射而出。李阳挥动双杖，共生符文与净化之光交织成网，将齿轮纷纷弹开。但他惊讶地发现，这些齿轮在接触光芒后竟开始吸收能量，表面逐渐覆盖上一层黑色纹路。
“不好！这里的机械也被暗星议会篡改了核心程序！”李阳刚想施展蝶影迷踪身法，却感觉双腿突然变得沉重无比。低头一看，地面不知何时伸出无数青铜锁链，锁链表面镌刻着暗星议会的符文，正源源不断地抽取他的力量。千钧一发之际，一道金色光芒从天而降，斩断锁链。一个身着皮质长风衣、戴着护目镜的少女落在他身旁，手中的蒸汽步枪还冒着青烟。
“跟我来！你身上的气息和他们不一样！”少女不由分说地拽着李阳钻进小巷。七拐八绕后，他们来到一处隐藏在废弃锅炉房的地下据点。据点内，数十个身着破旧工装的人正在修理各种蒸汽机械，角落里的工作台堆满了改装过的武器。
“她是反抗军首领露西，我们一直在对抗被暗星议会控制的机械军团。”一位白发老人将一杯冒着热气的褐色液体推到李阳面前，“三个月前，城市的中央动力炉突然被紫色能量侵蚀，所有机械造物都变得疯狂。”李阳注意到老人脖颈处有一道齿轮状的纹身，与机械巨像身上的纹路如出一辙。
说话间，地面突然剧烈震动。露西脸色大变：“是机械主教！他带着新研发的末日齿轮来了！”李阳冲出据点，只见天空中出现一个巨大的齿轮状飞行器，下方垂下的锁链上悬挂着数百个小型能量球，所过之处，建筑纷纷被吸入空中，化作齿轮的养料。
“必须摧毁中央动力炉，切断能量源头！”李阳握紧双杖，三色光芒在周身流转。他将共生符文注入地面，试图唤醒未被污染的机械。果然，一些老旧的蒸汽机车开始不受控制地冲向末日齿轮，虽然瞬间被摧毁，却为他争取到了宝贵的时间。
当李阳接近动力炉时，机械主教现身了。这是一个半人半机械的怪物，胸腔处裸露的齿轮组与跳动的紫色心脏清晰可见。“愚蠢的虫子，动力炉中的暗星核心即将苏醒，整个世界都将成为齿轮的燃料！”主教一挥袖，无数机械触手从地底钻出，每一根都缠绕着黑色闪电。
李阳施展出“光暗共生螺旋”，双杖旋转间，光芒与藤蔓交织成巨大的钻头。然而，机械主教的身体竟能分解重组，攻击对他毫无效果。千钧一发之际，李阳想起在机械废土获得的电磁脉冲能力，他将共生之力与电磁能量融合，形成一道紫色的脉冲光环。
脉冲光环触及机械主教的瞬间，他的身体出现了短暂的停滞。李阳抓住机会，将两枚晶核的力量全部注入双杖，挥出一记“终焉蝶斩”。光芒闪过，机械主教的身体轰然炸裂，但中央动力炉中的紫色核心却开始急速膨胀。李阳纵身一跃，用身体护住核心，三色光芒与核心的紫色能量激烈碰撞。
在意识即将被能量洪流吞噬时，李阳突然感受到一股熟悉的波动——石昊的混沌之力竟从遥远的时空传来，与他的力量产生共鸣。两股力量交融的刹那，紫色核心终于停止膨胀，缓缓化作一颗散发着纯净光芒的水晶。但还没等李阳松口气，他发现水晶中竟映出暗星议会的阴谋全貌：他们正在收集各个世界的本源核心，试图拼凑出打开暗瞳封印的钥匙......