在解决神秘星团危机的三个月后，宇宙边缘的暗物质云团开始出现诡异的律动。司念的量子监测网捕捉到，这些云团正以超光速向银河系中心汇聚，沿途经过的星系，恒星的光芒开始变得黯淡，行星表面的生命体征逐渐消失，仿佛有一只无形的手在抽离宇宙的生机。
“这不是普通的物质流动，”司念盯着全息投影上不断扭曲的暗物质云团轨迹，额头上渗出细密的汗珠，“这些云团携带的能量场，正在制造局部区域的熵减现象，与我们所知的宇宙熵增定律完全相悖。”凤逸尘的战甲泛起血色光芒，悖论之刃自动出鞘，符文如同活物般在刀刃上窜动：“上次星团事件后，我就有种预感，宇宙的平衡正在被某种更强大的力量打破。”小公主的糖纸雷达剧烈震颤，火焰凝结成荆棘状，尖锐的刺不断刺破虚空，试图捕捉异常能量的源头。
三人通过量子跃迁抵达暗物质云团最密集的区域，眼前的景象颠覆了他们的认知。数以万计的黑色立方体悬浮在虚空中，每个立方体表面都流转着银色的纹路，它们如同精密的齿轮，在暗物质云团中不断旋转、重组。更令人毛骨悚然的是，这些立方体正在吞噬周围的恒星，将恒星的光与热压缩成一缕缕灰黑色的能量丝，注入到云团核心。
“这些立方体在制造虚熵！”司念的声音充满恐惧，“虚熵是超越常规熵能的存在，一旦达到临界值，整个宇宙的时间和空间都会开始逆向流动，所有文明都将从历史中被抹去。”凤逸尘挥动悖论之刃劈向立方体，却发现刀刃如同陷入泥潭，被银色纹路死死缠住，一股冰冷的力量顺着刀刃传入体内，战甲上的符文开始熄灭。小公主将糖纸火焰与冰之力融合成双色光鞭，抽向立方体，光鞭接触到银色纹路的瞬间，竟被分解成无数光点，消散在虚空中。
危机时刻，司念注意到立方体表面的银色纹路，与他们在量子织网者考验中看到的量子节点暗线有着相似的波动频率。她强行接入其中一个立方体的能量网络，意识瞬间被拖入一个漆黑的空间，无数发光的文字在虚空中浮现：“我们是熵寂的先驱，宇宙的熵增终将走向热寂，唯有虚熵能重启一切。”
“这是一群妄图成为宇宙造物主的疯子！”司念将信息同步给凤逸尘和小公主，“他们想通过制造虚熵，让宇宙回到初始状态，再按照他们的意愿重新创造。”凤逸尘的战甲红光暴涨，强行挣脱银色纹路的束缚：“没有人有权利决定宇宙的命运！”小公主将所有糖纸聚合成巨大的棱镜，汇聚宇宙中的星光，试图干扰立方体的能量运转。
司念在量子网络中发现，这些立方体的核心存在着一个“虚熵核心”，只要摧毁它，就能终止这场危机。三人制定计划：凤逸尘用悖论之刃吸引立方体的攻击，为司念和小公主创造接近核心的机会；司念运用量子编织术破解核心的防护系统；小公主则用融合能量进行致命一击。
战斗异常惨烈，凤逸尘的战甲布满裂痕，鲜血顺着刀刃滴落；司念的意识在量子网络中不断遭受攻击，虚拟形象开始变得透明；小公主的糖纸在高强度能量冲击下，出现了难以修复的破损。但他们没有退缩，当司念成功破解核心防护的瞬间，小公主的双色能量如同利箭，射向虚熵核心。
随着一声震天巨响，虚熵核心爆炸，所有立方体开始崩解，暗物质云团也随之消散。宇宙的光芒逐渐恢复，被吞噬的恒星重新燃起火焰，行星上的生命体征开始复苏。
战斗结束后，一个半透明的身影在虚空中浮现，正是那些制造虚熵的文明残念：“我们终究失败了……但宇宙的命运，真的不该被改写吗？”凤逸尘握紧悖论之刃：“宇宙的魅力，就在于每个文明自由选择的权利，而不是被某个意志强行操控。”
回到基地，司念将虚熵危机的全过程记录下来，发送到星际文明数据库。凤逸尘修复战甲，准备迎接下一次挑战；小公主看着破损的糖纸，露出坚定的笑容：“等糖纸修好，我们继续守护宇宙！”在浩瀚的星渊中，他们的故事仍在继续，而守护自由与希望的信念，永远不会熄灭。