海底建筑的金属地板开始龟裂，裂缝中渗出的紫色流体如同活物般朝着舱体汇聚。林小羽的零号项链剧烈发烫，在皮肤上烙下浅浅的印记，她却浑然不觉，目光死死盯着舱体中苏醒的克隆体。对方抬手的动作与陈默习惯性的姿势如出一辙，这让她喉咙发紧，钢笔在掌心攥出湿润的汗痕。“他和陈默哥... 究竟是什么关系？” 这个疑问在她脑海中盘旋，却没时间细想。
张晨的扳手重重砸在舱体边缘，金属碰撞声震得耳膜生疼。少年的绷带早已被血浸透，每挥动一次手臂，烧伤处的皮肤就像被撕开般剧痛，但他咬牙坚持着，拍立得残骸在胸前晃动，提醒着他一路走来的每一场战斗。“不能让这个‘omega’启动！” 他的声音沙哑，却带着破釜沉舟的决绝，余光瞥见莉莉亚瘫坐在地，正对着父亲的日记喃喃自语。
老水手杰克突然冲上前，匕首抵住舱体的锁扣。老人布满伤疤的手微微颤抖，浑浊的眼睛里燃烧着仇恨的火焰：“当年你把‘深海号’变成地狱，现在还想毁掉全世界？” 他脖颈处的旧伤随着情绪激动渗出血珠，记忆如潮水般涌来 —— 那个暴风雨夜，船舱里此起彼伏的惨叫，以及詹姆斯被紫色光芒笼罩的诡异身影。
大副汤姆却呆立在原地，手中的照片被汗水浸湿。他看着舱中克隆体与詹姆斯相似的面容，十年前的愧疚再次涌上心头。“如果当初我...” 他的声音被建筑的轰鸣声吞没，手指无意识地摩挲着照片上詹姆斯的笑脸。当年为了保护船上所有人，他不得不将好友锁进实验舱，这个决定成了他心中永远的刺。
莉莉亚突然尖叫着举起父亲的日记，泛黄的纸页在气流中翻飞：“找到了！父亲说过，三叶草的‘眼泪’是指... 银色项链与深海磁场的共振频率！” 她的声音带着癫狂的兴奋，将从克隆体身上扯下的银色碎片按在舱体表面。碎片与项链接触的瞬间，整个舱体爆发出耀眼的蓝光，沉睡者的手指动了动。
林小羽的机械表碎片疯狂闪烁，陈默的意识带着前所未有的焦急传来：“快阻止他！这个克隆体的基因链里... 藏着时间逆流的程序！” 她的钢笔在笔记本上划出凌乱的字迹，记录下舱体数据变化的同时，注意到周围的时间流速愈发混乱 —— 张晨的伤口愈合后又裂开，而杰克的白发正在变黑。
“用金色齿轮！” 张晨突然喊道，扳手挡下一道射向林小羽的激光，“它和舱体上的铭牌能产生共鸣！” 少年的手臂被激光擦过，焦糊味混着血腥味弥漫开来。林小羽毫不犹豫地将金色齿轮嵌入铭牌凹槽，齿轮表面的基因纹路与舱体的能量场产生共振，绿色液体开始沸腾，沉睡的克隆体缓缓睁开双眼。
那双紫色瞳孔扫视四周的瞬间，所有银色锁链应声断裂。克隆体抬手轻挥，张晨和杰克被无形的力量掀飞出去。林小羽护住八音盒翻滚在地，钢笔导线甩出的电流却被对方轻易化解。“你们以为能阻止命运的齿轮？” 克隆体的声音冰冷，与陈默温暖的声线形成强烈反差，“从陈玉华启动初代克隆计划开始，一切就注定了。”
汤姆突然冲上前，将照片举到克隆体面前：“看看这个！当年我们是为了阻止詹姆斯疯狂的实验！” 他的声音带着哭腔，泪水滴落在照片上。克隆体的目光落在照片上，瞳孔微微收缩，记忆深处似乎有什么东西在苏醒。但很快，他冷笑一声：“过去的错误，就让时间来修正吧。”
就在这时，海底建筑的自毁程序彻底启动。红色警报灯疯狂闪烁，零号的数据光点再次凝聚：“哥，小羽，带大家从通风管道撤离！我来拖住他！” 少年的虚影举起银色锁链，缠住即将暴走的巨型齿轮。林小羽望着零号逐渐透明的身影，想起他总爱调侃自己 “书呆子” 的模样，心痛如绞：“零号，你不能...”
“快走！” 零号的声音带着不容置疑的坚决，“记得找到三叶草组织的总部，那里藏着妈妈最后的...” 他的话被爆炸声打断，数据光点开始消散。张晨拽着林小羽冲向通风口，却见莉莉亚突然冲向舱体 —— 她手中的日记翻开到最后一页，上面画着一个与八音盒相似的装置，标注着 “时间锚点稳定器”。
“这个或许能阻止他！” 莉莉亚将日记塞进林小羽手中，“父亲说过，三叶草组织最怕的就是...” 她的话戛然而止，一道紫色光束贯穿了她的胸口。女孩的身体缓缓倒下，手中的银色碎片掉落在地，与八音盒产生共鸣，投射出陈玉华的全息残影。
“小羽，如果你看到这段影像，说明‘omega’已经苏醒。” 陈玉华的声音带着疲惫，身后的实验室一片狼藉，“记住，时间的齿轮需要矛盾，而人性... 就是最大的变量。” 影像消失的瞬间，海底建筑开始剧烈坍塌，巨型齿轮的转动引发了更可怕的效应 —— 整个海域的海水都在逆向旋转，形成吞噬一切的漩涡。
林小羽和张晨在混乱中被气流冲散。她死死抱住八音盒，在坠落的碎石中看见克隆体走向巨型齿轮装置，而汤姆和杰克正拼尽全力阻拦。零号最后的数据锁链即将断裂，陈默的意识在机械表碎片中发出绝望的呐喊。在这千钧一发之际，林小羽发现八音盒的底部突然弹出一个卡槽，形状与莉莉亚父亲日记中画的稳定器完全吻合。