宇宙在创世之光的洗礼下重归平静，文明灯塔的光芒再次洒满星河。但在仙女座星系边缘，沈梦璃的协律中枢突然捕捉到异常的量子涟漪——这片区域的空间正在以诡异的频率「呼吸」，每一次收缩与扩张，都会短暂抹去区域内所有文明的科技成果。更令人不安的是，被抹去的科技数据竟在暗中重组，形成一种与熵寂之主能量波动相似的新型编码。
林羽的溯光剑在剑鞘中发出嗡鸣，剑身纹路渗出暗紫色液体，与记忆中熵寂之主消散时的能量如出一辙。他的意识被强行拽入一个扭曲的空间，这里漂浮着无数破碎的镜面，每个镜面都映出不同的未来：有的宇宙被暗紫色水晶覆盖，文明沦为水晶中的标本；有的世界机械与自然融合，却在深处暗藏自我毁灭的程序；还有的时空，守护者们彼此厮杀，鲜血染红了整片星空。
伊璇的混沌密钥树在各星系绽放出新芽，却在一夜之间全部长出灰黑色的果实。树灵的意识变得飘忽不定，只能断断续续传递信息：「...暗域的水晶...在吞噬可能性...它在重塑...新的规则...」果实炸裂后，释放出的孢子如黑色迷雾般扩散，所到之处，生物的思维开始趋同，连最具创造力的艺术家都只能重复同一种旋律。
阿岚的终焉调和者形态在星空中突然出现裂痕，光明与黑暗之力再次失衡。她在精神层面陷入无尽的轮回，时而成为秩序的独裁者，时而化作混沌的毁灭者。在某个轮回中，她遇见了一个戴着银色面具的孩童，面具缝隙中流淌着与熵寂之主同源的暗紫色光芒：「姐姐，你以为打败他就能结束吗？真正的游戏...才刚刚开始。」
洛凛的共生体学院迎来前所未有的危机。新生学员的共生体在觉醒时突然失控，他们的身体浮现出暗紫色纹路，双眼闪烁着冰冷的机械光泽。这些失控的学员组成「归零者」组织，在学院内大肆破坏，口中重复着：「不完美的存在，都应回归原点。」洛凛的共生战刀在对抗中出现裂痕，他发现这些学员的攻击方式，竟与熵寂之主麾下的熵蚀体如出一辙。
雷掣的机械军团在巡逻时遭遇新型敌人——「虚境猎手」。这些由暗物质与量子数据融合而成的生物，能随意穿梭于现实与虚拟之间。它们的攻击不会造成物理伤害，却能直接入侵机械体的量子核心，篡改其记忆与指令。更诡异的是，被入侵的机械士兵会在表面投影出一段段混乱的影像，画面中，熵寂之主的身影若隐若现。
全宇宙文明联合议会紧急召开会议，却发现议员们的意识已被某种「认知病毒」感染。支持秩序的议员变得极端狂热，主张用绝对规则抹杀一切变数；倾向混沌的议员则鼓吹无序的狂欢，提议摧毁所有文明的根基。会议现场陷入混乱，暗紫色的能量从地板缝隙中涌出，将争吵的议员们包裹成茧状物体。
沈梦璃在中枢深处解析出惊人真相：暗域水晶正在吸收宇宙中所有「未选择的可能性」，将其转化为重塑现实的力量。她在初代观测者的残卷中找到线索，水晶的本质是熵寂之主的「意识碎片」，在消散前坠入暗域，如今正在借助文明的恐惧与贪婪重新凝聚。「我们面对的不是单纯的敌人，」她将数据共享给守护者，声音带着颤抖，「是整个宇宙的『可能性阴影』。」
林羽带领守护者们踏入暗域，这里的空间扭曲成克莱因瓶结构，每一次前进都会回到原点。溯光剑在此处失去光芒，剑身纹路开始逆向流转。当他们终于找到暗紫色水晶，水晶表面浮现出无数张文明的脸，这些脸都带着绝望与疯狂的笑容。水晶中传来熵寂之主的笑声：「你们以为打败我就能掌控命运？记住...在绝对的可能性面前，你们永远是局中人。」
伊璇的混沌密钥树果实突然全部化作钥匙，插入暗域的不同节点。树灵的意识在钥匙中凝聚成最后的力量：「用文明的...多样性...打破他的...单一规则...」阿岚的终焉调和者形态强行融合光明与黑暗，在精神层面构建出「可能性熔炉」；洛凛带领共生体学员组成信念之墙，抵御归零者的进攻；雷掣将机械军团改造成数据洪流，试图冲刷虚境猎手的入侵。
当守护者们的力量汇聚成冲击水晶的浪潮，水晶突然分裂成无数细小的碎片，每一片都化作一扇通往不同「可能性虚境」的门。林羽握紧溯光剑，踏入其中一扇门，门后的世界里，熵寂之主以全新的姿态重生，他的身躯由所有文明的绝望与恐惧构成，手中握着一把能斩断现实的「终焉之镰」。宇宙的命运，再次悬于一线...