在此后的一段时间里，胡适频繁地参加教会的活动，几乎读完了整部圣经。他一度把基督信仰当成一种精神寄托，又打算汲取养分，打造一种新的道德，用来改造中国文化。
然而，在1912年12月11日的日记中，胡适写道：“吾不信洗礼及圣餐之类......”在这里，胡适表现出与很多知识分子相似的态度，赞同基督教的思想，但对基督教的礼仪持保留态度。
这一年的圣诞节前夜，胡适去教堂观弥撒礼，他在日记中第一次大笔墨显露出对基督教的反感情绪：“坐定审视，堂上有塑像甚多，中列十字架，上刻耶稣裸体钉死之像。像后有四像，似系四使徒也。两厅各有像，右为耶稣之母。其左侧之像有髭，不知为何人，疑是耶稣之父也。此等偶像，与吾国神像何异？虽有识之士，初不以偶像祷礼之，然蚩蚩之氓，则固有尊敬顶礼迷信为具体之神明矣。
“教中男女来者，将入坐，先屈一膝(如吾国请安之礼)行礼，然后人坐，座前有木板，人皆长跽其上，良久然后起坐。有儿童数十人，结队高歌颂神之歌。坛上牧师合十行礼，俨如佛教僧徒，跪拜起立，沓沓可厌。其所用经文及颂祷之词，都不可解，久之，始辨为拉丁文也。吾敢言座中男女十人中无二三能解其词义者。此与佛教中之经况何异乎？(佛经中梵文名词都直译其音，即如 “南无阿弥陀佛”，今有几人能言其意耶？”
洗礼和圣餐是基督信仰的两大圣礼。耶稣说：“信而受洗的，必然得救。”洗礼是一个人成为基督徒的重要宣告，愿意同耶稣同死同埋葬同复活。如果一个人没有这样的心志，不会成为一个基督徒。
圣餐是耶稣基督所设立的。耶稣基督为了救赎人类，宁可破碎流血，让门徒藉着圣餐来记念其，等候其的再来。一个人不愿意领圣餐，便是不相信耶稣基督为自己流血舍命。
在此后日记中，胡适频频流露出对基督信仰的质疑。
他不相信祷告，不管是天旱时求上帝降雨，还是人得病时求上帝医治，他统统的不信，归入迷信之列。
他不相信灵魂不朽，不相信人死后有审判。有一个卫理公会的牧师曾和他提起末日的审判，他讥讽说：“其言荒谬迷惑，大似我国村妪说地狱事。”
胡适虽然曾经口里承认，心里相信，按照福音派的标准，算是基督徒。但胡适却在日后，说那是自己的迷途，真正的之返，反而是离开基督教。
胡适回忆说，自己被误导信主，是参加了一次旨在召唤中国留学生成为基督徒的夏令营会。这个营会，大量的运用了他深深恨恶的感情把戏和套路，先开始破冰游戏，打开大家的心扉，让大家不设防，然后继续用感情牌来“捉”信徒。自己越细想，越觉得受到了屈辱，被骗了。他后来冷静了，觉悟了，看透了耶教会用“感情的”手段俘虏青年人，“深恨其玩这种‘把戏’，“故起一种反动”。对耶教会起了反感之心，当然就不会再上当，不再信洋迷信，不想当耶教徒了。
胡适这里所说，应该是那次耶教刻意安排的那个美国教徒梅西(Me
ce
)为中国留学生所做的现身演讲，述说他一生的经历。
很多的基督教会，特别用心联络信徒之间的感情。刻意安排每个信徒，至少参加一个小团契，小组长负责跟进了解每个成员的生活状态，维系成员对小团契的感情。如果信徒不来聚会，小组长要上报，大家一起为其祷告，然后安排人去探访，直到感情牌把这个人再带到教会中来，重新沐浴主的恩典。
不能否认，感情牌是基督教发展和笼络信徒的重要手段，但从胡适的经历能看到，感情牌也有不灵的时候。对于胡适这样一个划时代的学者，一个开创中国人书面语言习惯的伟人，自然有着自己宽广深邃的心胸，怎么能够被小儿科的情感游戏控制？
有人说，从胡适身上发生的事情，基督徒宣传福音的时候，切忌的是，可以始于感情，但一定要终于真理，而非继续靠感情作为信徒来教会的原因。始于感情牌的，也会终于感情。作为教会，应该明白，感情牌，是一个小技巧，而非一个大手段，如果信徒来教会是因为舍不得和离不开，或者不得不屈从于一种感情，那么，这个信徒将在理念上扎根不稳，容易在教会人事变动后离开教会。
问题在于，基督教能“终于真理”吗？
此时的胡适已经在美国生活了一段时间，初来乍到的迷茫已经被正常的学生生活所取代，对他来说，宗教的安慰功效已经有所减弱。在最初的甜蜜期后，对教义的理性反思逐渐占据上风。
对于胡适对基督教的信仰转变过程，不难发现，胡适的基督教信仰分为两个层面。一为情感抚慰与社会教化功效层面，在这一层面上，胡适信仰基督教。 二为教义层面，也就是宗教哲学层面，胡适则对基督教持有批判态度。若以这两个层面来看，胡适的基督教思想从来就没有转变过，只是由于所处的环境变化，使得在美国的最初一段时间内第一层面盖住了第二层面而已。
只是随着深入研读《圣经》，以及在美的生活学习逐渐走上正轨后，第二层面的理性反思才逐渐起主导作用。
但自始至终，胡适对于基督教第一层面的社会教化功效都是予以肯定的，正如《胡适口述自传》中所写：“我一直欣赏圣经里所启发的知识。” 他甚至将自己的一个儿子送进了“教友会”的学校。但在宗教或哲学层面，胡适又确定地说：“直至今日我仍然是个未经感化的异端。”
胡适遍读《圣经》，却最终与基督无缘，其原因可以是多方面的。但从根本上来说应归结为两方面，一方面是源自西方的其他文化或理论对他的影响，另一方面可称之为中国传统文化对他的影响，来自这两方面的共同作用下，胡适最终选择与基督教分道扬镳。
关于西方理论对他的影响，就不得不提及实验主义、存疑主义与近代一系列自然科学的发展。胡适无法成为基督徒是因为他是杜威的学生，他无法接受教会的洗礼是因为在他的时代，他已经接受了自然科学的洗礼。这些自然科学中，影响胡适至深的便是与“上帝创造宇宙”完全对立的进化论。胡适的名字就是最好的证明，“适”字便出自当时最为流行的达尔文的《进化论》中“适者生存”的理论，而杜威的实验主义更是影响胡适宗教思想的关键所在，他总结到实验主义的科学方法便是“大胆的假设，小心的求证”，对于没有充分证据的事绝不可信。
基督教最为强大的精神动力便是用上帝这个外在的价值源头来鞭策和引导人间。信仰上帝使恶人悔改，显示出基督教强大的道德教化功能。西方各个领域都有着这种基督教精神的渗透。而在胡适所在那个年代，他对于西方文明的仰慕与崇拜是显而易见的，他一心想要做的便是用西方文明的长处来再造中国文明，而西方文明处处有着基督教精神的渗透，所以他对基督教的现实功能是认同的。
但基督教这种外在超越的宗教，有着一个根本的问题，那便是上帝的存在是一个假设，是无法被彻底证实的。这亦是基督教为何如此强调“信”与“不信”的原因。信便是一切，不信一切顿时毫无意义。特别是对秉持怀疑精神和无神论的胡适来说，实证是如此的重要，以至于他无法相信没有充分证据的东西。
正如胡适对劝他皈依基督教的人所说：“你必须平心静气的明了，世上自有一种人确不能信任一切没有充分证据的东西。他们的不能不怀疑，正如某些人的不能不信仰一样。”
胡适从小就受来自父亲程朱理学的影响，无神论思想在他的心里深深扎根。他曾经在教会受到感动，但他的理性主义渐渐湮没了生命的感动。
胡适虽然没有成为一名基督徒，但基督教义在他的思考中留下了深深的烙印，比如说他的宽容思想。胡适曾经说：“宽容比自由更重要”。
虽然不是基督徒，但在后来中国非基运动中，他还是勇敢地站出来，为教会说话。他始终对基督教各派共同的信仰《圣经》表示最大敬意，始终和教中人士保持友好往来。归国后还担任了基督教学校的校董，经常接受教徒的邀请参加各种活动。
直到晚年，胡适还送圣经给别人，在信里告诉友人他曾经读《圣经》的感动，只是一直坚持“我自认是一个无神主义者”。
他常常说：“我自己是一个不信神的人，但我感谢这个社会能容忍我不信神，所以我一生自律，我也应该容忍世间一切诚心信神的人，应该恭敬一切诚心相信宗教的人。我是报答社会对我容忍的一点点微意。”
也许唯一的例外，是他在《容忍与自由》里引用基督教的“不宽容”作“反面教材”。