1916年6月，因搞复辟倒退而留千古骂名，皇帝没当成反而陷入四面楚歌的袁世凯一命归西，黎元洪继任大总统，国内政治形势发生了大的改观。
此时，蔡元培的旧友范源濂、袁希涛分别出任了北京政.府的教育总长和次长，范源濂上任之初，便对外表示：要“切实实行（民国）元年所发表的教育方针”。
远在异国他乡的蔡元培等人听到了这些消息，高兴得奔走相告。
也就在这个时候，蔡元培收到教育总长范源濂的电报：”国事渐平，教育宜急。现以首都最高学府，尤赖大贤主宰，师表群论。海内人士，咸深景仰。用特专电敦请我公担任北京大学校长一席，务祈鉴允，早日归国，以慰瞻望。”
原来，一段时间以来，浙籍人士陈介石、马叙伦等人就一直呼吁，请蔡元培担任北京大学校长。这也正是教育总长范源濂心中所想，主管北京大学的专门教育司司长沈步洲也极力促成此事。但是，北京大学校长一职地位显赫，任命权在国.家.元.首，范源濂遂请示大总统黎元洪。
为了取得黎元洪的同意，范源濂可是动了一番脑筋，准备了一大堆说词；实在不行，他甚至想拿辞职相挟。
谁知，见到黎元洪后，没等他说话，就听黎说：“范总长，我知道您这么急找我是为的什么事？”
没等范源濂开口，黎元洪摆了摆手说：“是请我们的翰林大人蔡孑民当北大校长吧？”说着，拿出一张盖好大印的任命交给范源濂，“范总长，副署后就可以发表了。”
一直到从总统府走出来，范源濂，好像都没搞明白怎么回事。只是有些后悔，没能当面谢谢总统。于是，便有了他发给蔡元培的电报。
蔡元培其实对黎元洪没有太多的好感。
1911年11月28日，蔡元培应陈其美之邀从德国返回沪。回国后没几天，12月2日南京光复后，同盟会与各省在上海的代表酝酿推举革命军的大元帅，筹组革命临时政府。蔡元培是同盟会元老，自然参与其中，并积极协调各方意见。黎元洪当时是大元帅的人选之一。
在确定人选的时候，一些同盟会代表告诉蔡元培，黎元洪本人实际上是被士兵们逼迫参与首义的，而且私下还与袁世凯的北洋势力有牵连，认为黎当大元帅不妥。有人还给蔡元培绘声绘色的讲了“床下督军”的传闻。蔡元培信还是没信，不得而知，反正在筹备大会上，蔡元培提名黄兴做大元帅，各省代表一致表示赞同。
会议上，率直的章太炎当场站了起来，说黎元洪无论如何也是参与了革命首义的有功之臣，影响重大，不可辜负。大家遂举黎元洪为副元帅。
而后来因为武昌方面的反对和首义地位之重要，最后还是黎元洪当了大元帅。
蔡元培对黎元洪印象很一般，但黎元洪对蔡元培的印象却特别好。他就任大总统，特别想改变党同伐异、军人干政的风气，曾想任命蔡元培为浙江省长。而浙江的乡绅们，也有意推举蔡元培为浙江督军。因此事牵扯问题过于复杂，黎元洪的这个想法没能实现。
1916年7月12日，黎元洪任命范源廉主管民国的教育部。这时，社会舆论纷纷呼吁整顿北京大学，黎元洪首先想到了蔡元培。
蔡元培在任教育总长期间，主持制定了中国第一个西方化的新学制“壬子癸丑学制”，以及将京师大学堂改为北京大学等惊世之举，给黎元洪留下的印象很深，蔡元培当教育总长的赞扬之声，他不会听不到。
1916年12月22日，蔡元培携眷应召于大风雪中回到北京。大总统黎元洪接见了蔡元培。随后，北京政府教育部奉大总统令，于12月26日正式任命蔡元培为北京大学校长。
蔡元培走马上任后，面临着教育经费的困难。黎元洪闻知后，先从自己做起，压缩总统府预算、自减薪水，由袁世凯规定的每年192万元减为每年57万元，挤出资金扶植教育。
在接见蔡元培时，黎元洪曾与蔡讨论女子参政问题。
黎元洪说，有人以妇女程度不够为由反对。蔡元培则反驳这种说法，他认为应该只问妇女参政该不该，不能问她们程度够不够，纵然不够，也可用教育补足，不能剥夺其权利。
黎元洪听了后点头赞成。
应该说，蔡元培到任后对北大进行了大刀阔斧的改革，没有黎元洪的大力支持，也是很难实现的。
经过这一次的交往后，蔡元培对黎元洪的印象应当大有改观。
蔡元培就任北大校长半年后，因发生“张勋复辟”的政治危机，黎元洪下野，蔡元培曾随之宣布辞职。只是，在复辟闹剧流产后，蔡元培于当月重返了北大。
北京大学源远流长。
早在1862年，清政.府便在总理衙门设立了京师同文馆。同文馆的设立是我国创办新式学校的开端，也是北京大学的雏形。
1896年6月，刑部左侍郎李端芬在给清政府的《请推广学校折》中，第一次正式提议设立“京师大学”。1898年初，随着变法维新运动日益发展，康有为在《应诏统筹全局折》中再次提出：“自京师立大学，各省立高等中学，各府县立中小学及专门学。”
1898年6月，光绪帝颁布《明定国是诏》推行“戊戌变法”，诏书中强调“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办”。7月3日，光绪帝批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，正式创办京师大学堂。并任命吏部尚书、协办大学士孙家鼐为首任管理大学堂事务大臣（管学大臣），许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪良任西学总教习。
9月21日，慈禧太后与守旧派发动戊戌政变，百日维新失败。但是，京师大学堂得以保留。
京师大学堂是当时中国最高学府和最高教育行政机关，也有学者认为是中国近代正式设立的第一所新式大学。京师大学堂的建立在中国近现代史上具有划时代的意义，标志着中国近现代高等教育的开端。
京师大学堂也就是北京大学的前身。
1900年，义和团运动爆发，京师大学堂遭到破坏。8月3日，清政府下令停办京师大学堂。
1902年12月，清政府委任吏部尚书张百熙为管学大臣，责成经理京师大学堂，京师大学堂得以恢复。吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。12月17日，京师大学堂举办开学典礼。根据学制，不同程度的毕业生分别授给贡生、举人、进士头衔。
1903年，增设进士馆、 译学馆及医学实业馆。
1904年，京师大学堂管学大臣改为总理学务大臣，负责统辖全国学务，并另设京师大学堂总监督，专管京师大学堂事宜。京师大学堂统辖全国教育的职能因此分离，成为单纯的高等学校。
同年，进士馆开学，招收了中国历史上的最后两届科举进士，即癸卯科（1903年）进士80余名和甲辰科（1904年）进士30余名入学。并选派首批47名学生出国留学，开中国高校派遣留学生之先河。
按照1903年的癸卯学制规定，京师大学堂毕业生可以授予进士头衔并奖励翰林院编修、检讨等官职。因此，大学堂在当时成了各种失意官员、举贡生监寻求出身的地方。
这时的京师大学堂里，仕学馆、进士馆的学生均带有听差。每到上课时间，各房中便响起一片听差“请大人上课”的声音，然后由听差把笔、纸、墨、砚及茶水、烟具送到讲堂。下课时，听差又来“请大人回寓”，学生大人拍拍屁股便走，由听差在后面收拾杂物。上起体育课来就更热闹了，操场上时不时传来“大人，向左转”“大人，向右转”的喊声。
1905年，清政府下诏废止科考制度，国子监停办时，一批未毕业的学生直接进入京师大学堂学习。这时的京师大学堂即成为中国唯一官方最高学府和官方教育行政机构。因此，很多人认为京师大学堂是中国太学的正统继承者。
1905年4月30日，京师大学堂举办了第一次运动会，校方特别强调开运动会的目的是培养青年“临事不辞难，事君不惜死”的精神。在这次运动会上，还要运动员一再高呼“皇太后圣寿无疆，皇上圣寿无疆”等口号。
1910年京师大学堂开办分科大学，共开办经科、法政科、文科、格致科、农科、工科、商科七科，设十三学门，分别是诗经、周礼、春秋左传(经科)；中国文学、中国史学(文科)；政治、法律(法政科)；银行保险(商科)；农学(农科)；地质、化学(格致科)；土木、矿冶(工科)。
这时，一个近代意义的综合性大学初具规模了。
到了1912年5月4日，当时中国的最高学府、也是中国最高教育行政机关的京师大学堂改名为北京大学，这正是在蔡元培领导下的教育部推动下进行的。中国近代启蒙思想家和教育家严复出任改名为北京大学后的第一任校长。
北京大学是新文化运动的中心和五四运动的策源地，最早在中国传播马.克.思主义和科学、民主思想，是创建中国.共.产.党的重要基地之一。
长期以来，北京大学始终与中国和中国人民共命运，与时代和社会同前进，恰如蔡元培先生所言：“大学者，囊括大典，网罗众家之学府也……此思想自由之通则，而大学之所以为大也。”?