黎就职当天颁下三令：
第一令云：“元洪于本月七日就大总统任，自维德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，巩固共和，造成法治之国。官吏士庶，尚其共体兹意，协力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令云：“现在时局颠危，本大总统骤膺重任，凡百政务，端资佐理，所有京外文武官吏，应仍旧供职，共济时艰，勿得稍存诿卸。此令！”
第三令云：“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘划，昕夕勤劳，天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深痛怆。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意！”
黎元洪虽然做了总统，可是他自己没有实力。当时的中国，最有实力当属北洋系，其次要属国民党，而黎既非北洋系，又不属国民党。
在北洋诸帅看来，黎不值得他们的拥戴；在国民党人看来，黎在二次革命后投靠袁以自保，不是真正革命党人。
可是黎元洪也有他的独特优势，因为他不属于任何一方，又是现任副总统，反而能被各方所接受。
但是，未必有人真的拿他这个总统当回事，所以黎元洪的处境是尴尬又艰难。
黎元洪就职后，国人便对《约法》的执行引起争议。《约法》有两个，执行哪一个？是新《约法》呢？还是旧《约法》？旧《约法》是民国元年的，新《约法》是民国三年的。
西南军务院抚军长唐继尧于六月十日通电提出：
（一）请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之《临时约法》；
（二）请召集民国二年解散之国会，依法补选副总统，及要求同意任命国务员，组织正式国务院；
（三）请惩办帝制祸首杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛、朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽等十三人；
（四）请下令召集军事特别会议，由各省都督或将军各派代表在上海开会，议决一切善后军事问题。
西南军务院副抚军长岑春煊亦宣称这四个条件是护国军方面一致主张，如北京方面同意接受，抚军院当立即撤销。
唐、岑的通电发出后，在上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则联名通电呼应。国会议员谷钟秀、孙洪伊等则在上海登报召集议员自行集会，以拥护法统，维持旧《约法》为奋斗的目标。
段祺瑞在黎元洪接任总统时提出的根据是新约法，自然不赞成恢复旧《约法》。
他没征求黎元洪意见，于六月二十二日以国务院名义通电各省：“黄陂继任，元首得人。半月以来，举国上下所龂龂致辩争者，《约法》而已。然就《约法》而论，多人主张遵行元年《约法》。政.府初无成见。但此项办法，多愿命令宣布，以期迅捷，政.府则期期以为未可。盖命令变更法律，为各派法理所不容，贸然行之，后患不可胜言；是以迟徊审顾，未敢附和也。或谓三年《约法》，不得以法律论，虽以命令废之，而无足议，此不可也！三年《约法》，履行已久，历经依据，以为行政之准，一语抹杀，则中国一切法令，皆将因而动摇，不惟国际条约关系自重，不容不再三审慎，而内国公债以及法庭判决，将无不可一翻前案，加之何其可也？
“或又谓三年《约法》出自约法会议；约法会议出自政.治.会.议，与议人士皆政.府命令所派，与民议不同，故此时以命令复行元年《约法》，只为命令变更命令，不得以变更法律论，此又不可也。三年《约法》，所以不餍人望者，谓其起法之本，根于命令耳！而何以元年《约法》，独不嫌以命令复之乎？且三年《约法》之为世诟病，佥以其创法之始，不合法理，邻于纵恣自为耳！然尚经几许咨诹，几许转折，然后始议修改。而今兹所望于政.府者，奈何欲其毅然一令，以复修改以前之法律乎？此事既一误于前，今又何可再误于后？知其不可而尤而效之，诚不知其可也。如谓法律不妨以命令复也，则亦不妨以命令废矣！今日命令复之，明日命令废之，将等法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循乎？
“或谓国人之于元年《约法》，愿见之诚，几不终日，故以命令宣布为速。抑知法律争良否，不争迟速，法而良也，稍迟何害？法不良也，则愈速恐愈无以系天下之心，天下将蜂起而议其后矣！纵令人切望治，退无后言，犹不能不虑后世争乱之源，或且舞法为奸，授我以资为先例，是千秋万世，犹为国史增一汗痕，决非政.府所敢出也。总之，复行元年《约法》，政.府初无成见，所审度者，复行之办法耳！诸君子有何良策，尚祈无吝教言，俾资考镜。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则致电驳复，词意坚决：“如此次我大总统依法继任，政.府对内对外，迭经声明，所依何法？非根据元年《约法》规定程序所衍生之大总统选举法耶？使三年《约法》而为法也，一法不容二存，则被该法所废止之《大总统选举法》，定当非法，云何能依？果尔，则何不于六月九日，开所谓石室金匮以别求元首？夫我总统正位，而国内外共仰为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成为法也。又如我公今所长之机关为国务院，国务院者，元年《约法》上之机关，三年《约法》所未尝有也。三年《约法》若为法，元年《约法》定非法，公所长之院何由成立？今发布院令而中外共许为合法者，无他焉，以三年《约法》之不成法也。揆诸法理如彼，征诸事实如此，则三年《约法》之非法，确成铁案。”
唐绍仪、梁启超、伍廷芳等的电文，一语中的。如果按袁氏《约法》，现在的国务院都是非法的，何论其他。
其实，段祺瑞不会不知道，新约法突出的是总统的权力，这恐怕是他也是不能接受的。但段祺瑞实在是不想恢复旧《约法》和国会，于是想效法袁世凯，搞个约法会议，来修订一个新约法。
这么大的事段祺瑞不与自己这个大总统通气，就自作主张，黎元洪索性作壁上观。
旧《约法》和国会是辛亥的主要成果，是民主共和的基石，在革命党人和有识之士看来，不恢复旧《约法》和国会，就不可能重造共和。
六月二十五日，发生了一件大事。驻沪海军总司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟发表联合宣言，为扞卫旧《约法》、扞卫共和，上海海军宣告独立。
他们通电全国：“自辛亥举义，海上将士，拥护共和，天下共见。癸丑之役，以民国初基，不堪动摇，遂决定拥护中央。然保守共和之至诚，仍后先一辙，想亦天下所共谅。洎乎帝制发生，滇南首义，筹安黑幕，一朝揭破，天下咸晓，然于所谓民意者，皆由伪造，所谓推戴者，皆由势迫。人心愤激，全国扰，南北相持，解决无日。战祸迫于眉睫，国家濒于危亡。
“海上诸将士，佥以丁此奇变，不宜拘守常法，徒博服从美名，无补于大局，当与护国军军务院联络一致行动，冀挽危局。正在进行，袁氏已殒。今黎大总统虽已就职，北京政.府仍根据袁氏擅改之《约法》，以遗令宣布，又岂能取信天下，餍服人心？其为帝党从中挟持，不问可知，我大总统陷于孤立，不克自由发表意见，即此可以类推。是则大难未已，后患方殷。
“今率海军将士于六月二十五日加入护国军，以拥护今大总统，保障共和为目的，非俟恢复元年《约法》，国会开会，正式内阁成立后，北京海军部之命令，断不承受。誓为一劳永逸之图，勿贻姑息养奸之祸，庶几海内一家，相接以诚，相守以法，共循正轨而臻治安矣。”
李鼎新（1862—1930），字成梅。福建省侯官县（今福州市）人。 一八七五年（光绪元年）春，李鼎新考入福州船政学堂后学堂，为第四期驾驶班学生，与刘冠雄同学。一八八零年李鼎新毕业，上“扬武”舰实习。一八八一年底，船政学堂派出第二批出洋学生，李鼎新是仅有的两名驾驶学生之一。一八八二年春到英国，先入格林威治皇家海军学院学习，毕业后在皇家海军“斯卫福舒尔”舰实习，旋返格林威治海军学院进修炮术，曾随英舰游历北海及西印度群岛。
甲午战争爆发，李鼎新随舰队参加海战，海军提督丁汝昌在“定远”舰指挥作战中受伤，李鼎新协助管带刘步蟾指挥作战，发炮击伤日舰多艘，表现出色。李鸿章奏保海军出力员弁，李鼎新以参将尽先补用，并赏给“振勇巴图鲁”勇号。
民国成立，刘冠雄出任海军部总长，李鼎新任海军部参事，赴各省检阅军舰。授为海军少将。海军总司令黄钟瑛病逝，海军总长刘冠雄保举李鼎新接任，并晋授为海军中将，海军总司令部驻上海高昌庙。
林葆怿(1863～1930年)，字悦卿，侯官县(今福州市区)人。
清光绪六年(1880年)，考入福州船政学堂第九届驾驶班。光绪十二年(1886年)，派赴英国学习，回国后在北洋水师任职。宣统二年(1910年)，任向英国际摩士庄船厂订购“肇和”舰的监造员。民国元年(1912年)九月，任海军部参事。不久，授海军少将衔。民国二年八月，任第一舰队司令。
曾兆麟（1865－1922），字少沂，福建闽侯人。一八八七年毕业于天津北洋水师学堂第二届驾驶班。毕业后供职北洋水师。任“南琛”练舰管带，海军副参领。
民国建立后，先后任“飞鹰”舰舰长、南京临时政.府海军部教务局局长、海军部军衡司司长兼代军法司司长、“通济”练舰舰长、海军上校、海军少将。因“肇和”军舰夺舰事件，练习舰队司令徐振鹏被褫职，曾兆麟接任海军练习舰队司令。
上海海军的独立，段祺瑞认识到了关于“约法”问题的严重性，更看到了事态的严重。当时中国海军共有三个舰队，第一舰队的上海海军是海军的主力。这次公然独立，不仅严重地威胁北洋系势力下沿海各省区，同时还可以帮助护国军运兵北上。
这时，北洋系内部，也出现了不同声音，冯国璋、朱家宝、赵倜、田文镜等发声支持恢复旧《约法》和国会，段祺瑞不能不让步了。
幸好，黎元洪还可以出来收拾残局。
经林长民、张国淦等积极奔走，六月二十九日由黎元洪正式申令，仍遵行民国元年公布之《临时约法》。
申令言道：“共和国体，首重民意。民意所壹，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以致开国五年宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本。宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之《临时约法》，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之《大总统选举法》，系宪法之一部，应仍有效。”
紧接着又申令：“依据《临时约法》第五十三条，续行召集国会，定本年八月一日起，继续开会。所有关于袁氏时期之立法院、国民会议各法令，应即撤销，并裁撤参政院，特任段祺瑞为国务院总理及各部总长。”
于是争议不决的法统问题，遂告一段落。